使用全基因組測(cè)序來早期識(shí)別和遏制AMR病原體

今天在PNAS(美國國家科學(xué)院院刊)上發(fā)表的一項(xiàng)研究檢查了夸祖魯州廣泛耐藥結(jié)核病(XDR-TB)流行株LAM4 / KZN-的進(jìn)化和流行病學(xué)歷史-南非納塔爾(Natal)。該菌株**報(bào)道于2005年在夸祖魯-納塔爾省的圖格拉渡輪(Tugela Ferry)爆發(fā)，該地區(qū)與主要感染HIV的人群中90%的死亡率有關(guān)，此后已在全省廣泛傳播。一項(xiàng)新研究確定了促進(jìn)該XDR-TB菌株成功的關(guān)鍵宿主，病原體和環(huán)境因素，以及可以為早期識(shí)別和遏制未來流行病采取的步驟。

由哥倫比亞大學(xué)領(lǐng)導(dǎo)的這項(xiàng)研究由來自南非，美國和挪威的多機(jī)構(gòu)研究人員組成，他們使用基因組，空間和蛋白質(zhì)模型來回答這種菌株何時(shí)何地出現(xiàn)以及如何以及為何如此廣泛傳播。該研究利用了由埃默里大學(xué)，夸祖魯-納塔爾大學(xué)和美國疾病控制與預(yù)防中心領(lǐng)導(dǎo)的前瞻性XDR-TB傳播研究(TRAX)在2011-2014年收集的數(shù)據(jù)和TB菌株。

研究人員將該菌株的地理起源定位在與莫桑比克和eSwatini接壤的一個(gè)農(nóng)村地區(qū)，耐藥結(jié)核病的高發(fā)病率距報(bào)道**次爆發(fā)LAM4 / KZN的地方有400公里。結(jié)果還表明，該病毒株在1990年代初出現(xiàn)，在發(fā)生明顯的擴(kuò)展之前與主要的HIV流行同時(shí)出現(xiàn)，獲得了關(guān)鍵的有利突變。此外，研究表明，這種菌株的快速和廣泛傳播具有周期性的城鄉(xiāng)遷移。

哥倫比亞大學(xué)梅爾曼公共衛(wèi)生學(xué)院流行病學(xué)助理教授，首席研究員Barun Mathema博士說：“我們的結(jié)果表明，這種XDR-TB菌株是在被公共衛(wèi)生活動(dòng)確認(rèn)之前大約12年出現(xiàn)的。”“我們的研究強(qiáng)調(diào)，必須結(jié)合多種環(huán)境因素和特定于病原體的因素，才能使這些病原體持續(xù)傳播并分散到地理上分離的種群中。這些過程發(fā)生在所謂的'預(yù)檢測(cè)'階段，即病原體發(fā)生之前的幾年。首先被公認(rèn)為是對(duì)公共健康的威脅。”

**作者泰勒·布朗博士說：“從我們的發(fā)現(xiàn)中，我們了解了艾滋病毒并發(fā)感染，耐藥結(jié)核病高發(fā)病率，人類遷徙以及適應(yīng)性進(jìn)化在這種關(guān)鍵公共衛(wèi)生威脅的出現(xiàn)和擴(kuò)散中的重要性。” ，麻省總醫(yī)院傳染病科研究員。

Mathema觀察到：“將全基因組測(cè)序常規(guī)整合到公共衛(wèi)生監(jiān)測(cè)中可以解決任何知識(shí)空白，并使我們能夠更好地了解檢測(cè)前期，并為早期識(shí)別和本地遏制AMR病原體提供策略。”“由于病原體測(cè)序成本的迅速下降而實(shí)現(xiàn)的監(jiān)視，可以為公共衛(wèi)生從業(yè)人員提供強(qiáng)有力的策略。”